【48812】我国农业科学院蔬菜花卉所张圣平团队发布黄瓜近完好参阅基因组及多组学归纳数据库

时间: 2024-07-04 04:48:06 |   作者: 球王会官方体育app下载

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  我国农业科学院蔬菜花卉所张圣平团队发布黄瓜近完好参阅基因组及多组学归纳数据库

  时刻：2024-06-24 11:23来历：我国农业科学院蔬菜花卉研讨所原文:

  中心提示：近来，我国农业科学院蔬菜花卉研讨所张圣平团队在世界闻名期刊《Molecular Plant》在线宣布文章，发布了黄瓜榜首个近完好参阅基因组（CLv4.0）和参阅转录本数据集（CsRTD1），并整合泛基因组、集体变异组、转录组以及中心种质资料信息，建立了榜首个黄瓜多组学归纳数据库Cucumber-DB（），可为黄瓜功用基因组学和分子育种研讨供给全面的同享渠道。

  近来，我国农业科学院蔬菜花卉研讨所张圣平团队在世界闻名期刊《Molecular Plant》在线宣布题为A near-complete cucumber reference genome assembly and Cucumber-DB, a multi-omics databa

  se的文章，发布了黄瓜榜首个近完好参阅基因组（CLv4.0）和参阅转录本数据集（CsRTD1），并整合泛基因组、集体变异组、转录组以及中心种质资料信息，建立了榜首个黄瓜多组学归纳数据库Cucumber-DB（），可为黄瓜功用基因组学和分子育种研讨供给全面的同享渠道。

  黄瓜（Cucumis sativus L.）是葫芦科（Cucurbitaceae）的重要经济蔬菜作物，也是研讨植物性别决议、维管束构成的重要形式系统。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA和微卫星等杂乱重复序列组成的，这个份额远高于水稻、玉米和西瓜等作物（ 5%），而且受其时测序技能及拼装办法的约束，现在遍及的运用的华北密刺型（ChineseLong）黄瓜自交系9930参阅基因组（CLv3.0版别）依然有很多不知道序列（~130 Mb）和72个缺口；与此一起，这些重复序列也严重影响基因注释的精确度，黄瓜参阅基因组质量亟待进步。为此，该研讨初次使用约~100×的超长ONT（N50=200 kb）和~70×的 Pacbio HiFi 测序数据，结合遗传图谱和Hi-C测序数据来进行拼装调整和验证，除一个坐落2号染色体的缺口外，其他6条染色体均为一条接连序列，取得了黄瓜参阅基因组近完结图（CLv4.0）。该基因组巨细为321.53 Mb，比CLv3.0版别多拼装出近100 Mb序列，解析了着丝粒和端粒区域的45s rDNA和微卫星序列，确认了7个完好着丝粒区域。

  完好精确的基因注释信息，将极大地推进植物功用基因组学展开。该研讨对黄瓜全发育期（29个安排时期）和7个首要钳制处理进行转录组测序，包含0.84 Tb PacBio全长转录组和1.21 Tb Illumina链特异性转录组数据，整合多个注释流程，注释出27,360个高质量基因，这中心还包含5070个新基因，BUSCO值到达99.19%；更重要的是，该研讨构建了榜首个黄瓜参阅转录本数据集（CsRTD1），取得了17万个高质量的转录本，其间87.92%的转录原本历于全长转录组，为展开转录本精确认量和可变剪切功用研讨供给重要参阅。

  根据以上研讨，该研讨搭建了榜首个黄瓜多组学数据库Cucumber-DB（），包括了重要的黄瓜泛基因组（Li et al., 2022）、中心种质变异组（Qi et al., 2013）和转录组数据，开发了数十个有用剖析东西，为科研人员供给一站式服务；经过这一个数据库，能够一起取得12个不同黄瓜种质基因组序列和基因模型信息、中心种质资源变异数据（SNPs、InDels及SVs）、驯化挑选区间、基因及转录本表达谱可视化（eFP）、可变剪切信息、共表达调控网络及下流靶基因猜测等有关数据和东西。

  我国农业科学院蔬菜花卉研讨所官健涛助理研讨员、苗晗副研讨员、青岛农业大学张忠华教授、我国农业科学院蔬菜花卉研讨所董邵云副研讨员为该文的一起榜首作者；我国农业科学院蔬菜花卉研讨所张圣平研讨员为该文通讯作者，我国农业科学院蔬菜花卉研讨所为通讯单位。我国热带农业科学院黄三文院士对该研讨供给了重要辅导。该研讨得到了蔬菜生物育种全国重点实验室、国家重点研制方案（2023YFD1201500）、我国农业科学院科学技能立异工程建设项目（CAAS-ASTIP-2021-IVF）以及国家现代农业产业技能系统（CARS-23）项目的赞助。

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